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PCT/EP2020/070830
Description
SOUCHES BACTERIENNES DE FAECAUBACTERIUM PRAUSNITZII ET DE CHRISTENSENELLA POUR
LE TRAITEMENT
ET LA PREVENTION D UNE INFLAMMATION GASTRO-INTESTINALE
Domaine technique
La présente invention concerne une composition pour son utilisation dans le
traitement et/ou
la prévention de maladies gastro-intestinales inflanunatoires chez un
individu, en particulier
d'affections intestinales inflammatoires.
Elle concerne en particulier une composition comprenant des souches
bactériennes
particulières, et/ou leurs surnageants, pour son utilisation dans le
traitement et/ou la
prévention de maladies gastro-intestinales inflammatoires chez un individu, en
particulier
d'affections intestinales inflammatoires.
Technique antérieure
L'inflammation est un processus biologique naturel, qui constitue une partie
normale de la
réponse à des lésions ou des infections et contribue à la protection de
l'organisme contre les
agressions internes ou externes.
Cependant, un dysfonctionnement des mécanismes de l'inflammation, en
particulier une
inflammation persistante ou trop abondante, peut causer des maladies
douloureuses et
mettant en danger la vie du patient. De telles maladies comprennent, par
exemple, des
troubles cutanés, des troubles intestinaux, des troubles neurologiques,
l'arthrite et des
maladies auto-immunes. Plusieurs de ces maladies inflammatoires restent sans
traitement ou
sans traitement adéquat.
Par conséquent, l'étude et la recherche de nouvelles stratégies de traitement
anti-
inflammatoire constituent un sujet majeur en médecine et en recherche
biomédicale.
Une affection intestinale inflammatoire est un groupe de troubles caractérisés
par une
inflammation chronique et récurrente du tractus gastro-intestinal. La forme la
plus courante
de ce groupe est la maladie de Crohn. La pathogenèse met en oeuvre une
activation
inappropriée et continue du système immunitaire muqueux entraînée par la
présence du
mkrobiote intestinal chez un patient génétiquement prédisposé.
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H existe un besoin constant de nouvelles substances, en particulier de
probiotiques, ou de
compositions pour le traitement et/ou la prévention de maladies gastro-
intestinales
inflammatoires, en particulier des affections intestinales inflammatoires,
chez un individu.
Ainsi, la capacité à moduler la réponse immunitaire de Christensenella, et en
particulier des
souches bactériennes Christensenella minuta et Christensenella timonensis, a
été testée in
vitro. De plus, les inventeurs ont déterminé les propriétés anti-
inflammatoires synergiques
issues de la mise en oeuvre d'association entre une souche de Christensenella
avec une
souche de Faecalibacterium prausnitzii, un probiotique de nouvelle génération
(NGP) bien
connu.
Exposé de l'invention
La présente invention vise à proposer une composition pour son utilisation
dans le traitement
et/ou la prévention d'une maladie gastro-intestinale inflammatoire chez un
individu, la
composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable, au moins
une
première souche bactérienne de l'espèce Faecalibacterium prausnitzii, et une
seconde
souche bactérienne choisie dans le groupe constitué de Christensenella minuta,
Christensenella timonensis, et/ou leurs surnageants.
Une composition pharmaceutique comprenant, dans un milieu physiologiquement
acceptable, ces deux souches et/ou leurs surnageants est également visée.
Résumé de l'invention
L'objectif de la présente invention est de décrire de nouvelles substances, en
particulier des
probiotiques et/ou des surnageants de culture de probiotiques, et des
compositions pour le
traitement et/ou la prévention de maladies gastro-intestinales inflammatoires
chez un
individu, en particulier des affections intestinales inflammatoires chez un
individu.
Dans le contexte de la présente invention, les termes prévenir et
prévention désignent
la réduction à un degré moindre du risque ou de la probabilité d'occurrence
d'un phénomène
donné, c'est-à-dire, dans la présente invention, une inflammation gastro-
intestinale, en
particulier une inflammation intestinale.
Dans le contexte de la présente demande, les termes traiter et
traitement associés à
une maladie gastro-intestinale inflammatoire désignent une diminution, voire
une
interruption, de ladite maladie gastro-intestinale inflammatoire.
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La présente invention est basée sur la découverte par les inventeurs de la
capacité de
certaines bactéries Christensenella à améliorer les propriétés
immunomodulatrices d'une
souche de l'espèce Faecalibacterium prausnitzii.
Comme le démontrent les résultats des inventeurs, l'utilisation simultanée
d'une première
souche bactérienne Faecalibacterium prausnitzii, ou d'un surnageant de celle-
ci, et d'une
seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué de Christensenella
minuta,
Christensenella timonensis et leurs mélanges, ou d'un surnageant de celles-ci,
permet
d'obtenir des résultats anti-inflammatoires supérieurs à la simple somme des
effets
combinées de ces souches, ou de leur(s) surnageant(s), mis en oeuvre
séparément.
Cela est notamment matérialisé par la démonstration de la capacité de cette
association de
souches et/ou de surnageants, à réduire significativement la production de
molécules pro-
inflammatoires, notamment de l'interleukine 8 (IL-8).
Ainsi, selon un premier objet, la présente invention concerne une composition
pour son
utilisation dans le traitement et/ou la prévention d'une maladie gastro-
intestinale
inflammatoire chez un individu, la composition comprenant, dans un milieu
physiologiquement acceptable, au moins :
(1) (a) une première souche bactérienne de l'espèce Faecalibacterium
prausnitzii,
et/ou
(b) un surnageant de culture d'une première souche bactérienne de l'espèce
Faecalibacterium prausnitzii;
et
(11) (a) une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué de
Christensenella
minuta, Christensenella timonensis et leurs mélanges,
et/ou
(b) un surnageant de culture d'une seconde souche bactérienne choisie dans le
groupe
constitué de Christensenella minuta, Christensenella timonensis et leurs
mélanges.
Selon un mode de réalisation particulier, la première souche bactérienne est
présente dans la
composition sous une forme vivante, inactive et/ou morte, de préférence sous
une forme
vivante.
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Selon un mode de réalisation particulier, la seconde souche bactérienne est
présente dans la
composition sous une forme vivante, inactive et/ou morte, de préférence sous
une forme
vivante.
Selon un mode de réalisation particulier, la composition comprend au moins :
(a) un surnageant de culture d'une première souche bactérienne de l'espèce
Faecalibacterium prausnitzii ; et
(b) un surnageant de culture d'une seconde souche bactérienne choisie dans le
groupe
constitué de Christensenella minuta, Christensenella timonensis et leurs
mélanges.
En particulier, la première bactérienne de l'espèce Faecalibacterium
prausnitzii est la
souche A2-165, déposée à la German Collection of Microorganisms and Cell
Cultures sous
le numéro DSM-17677 en 1996.
En particulier, la seconde souche bactérienne est choisie dans le groupe
constitué de
Christensenella minuta DSMZ 22607, Christensenella timonensis DSMZ 102800 et
leurs
mélanges.
Un individu selon la présente invention peut en particulier être un mammifère,
plus
particulièrement un être humain.
Selon un mode de réalisation particulier, la composition est utilisée chez un
individu dont le
genre Christensenella représente au moins 0,01 % en nombre du total des genres
bactériens
de son microbiote intestinal.
Une maladie gastro-intestinale inflammatoire peut en particulier être une
affection
intestinale inflammatoire, plus particulièrement une affection intestinale
inflammatoire
colique.
Ladite affection intestinale inflammatoire colique peut, en particulier, être
choisie dans le
groupe constitué de la maladie de Crohn, de la recto-colite hémorragique et de
la pochite, en
particulier dans le groupe constitué de la maladie de Crohn et de la recto-
colite
hémorragique.
Selon un autre mode de réalisation, la composition selon l'invention est
adaptée à une
administration par la voie orale. La composition selon l'invention peut ainsi
être sous la
forme de poudre ou granulés, d'un produit alimentaire, d'une boisson, d'un
produit
pharmaceutique, d'un nutraceutique, d'un additif alimentaire, d'un complément
alimentaire,
d'un produit laitier, d'une capsule ou d'une gélule.
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Plus particulièrement, la composition selon l'invention peut être comprise
dans un
complément alimentaire.
Selon un second objet, la présente invention concerne une composition
pharmaceutique
comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable, au moins :
(I) (a) une première souche bactérienne de l'espèce Faecalibacterium
prausnitzii,
et/ou
(b) un surnageant de culture d'une première souche bactérienne de l'espèce
Faecalibacterium prausnitzii;
et
(II) (a) une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué de
Christensenella
minuta, Christensenella timonensis et leurs mélanges,
et/ou
(b) un surnageant de culture d'une seconde souche bactérienne choisie dans le
groupe
constitué de Christensenella minuta, Christensenella timonensis et leurs
mélanges.
Brève description des dessins
[Fig 1] représente la production d'interleukine-8 (IL-8) (en pg/InL)
(ordonnée) dans des
cellules HT-29 stimulées par (de gauche à droite) du TNF-a. seul (YBHI mucin)
ou en
présence des souches C. minuta DSMZ 22607 (C. minuta), C. timonensis DSMZ
102800 (C.
timonensis), F. prausnitzii A2-165 (F. prausnitzii), C. minuta DSMZ 22607 + F.
prausnitzii
A2-165 (C. minuta + F. prausnitzii) et C. timonensis DSMZ 102800 + F.
prausnitzii A2-165
(C. timonensis + F. prausnitzii) (abscisse).
Description détaillée
Les inventeurs ont conduit des travaux approfondis afin d'identifier la
capacité d'une
composition comprenant une première souche bactérienne de l'espèce
Faecalibacterium
prausnitzii, et/ou un surnageant de culture de cette première souche, et une
seconde souche
bactérienne choisie dans le groupe constitué de Christensenella minuta,
Christensenella
timonensis et leurs mélanges, et/ou un surnageant de culture de cette seconde
souche, à traiter
et/ou prévenir des maladies gastro-intestinales inflammatoires chez un
individu, en
particulier des affections intestinales inflammatoires.
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En effet, les inventeurs ont déterminé de façon inattendue qu'une composition
selon
l'invention possède la capacité de réduire une inflammation gastro-
intestinale, en particulier
une inflammation intestinale, chez un individu.
En effet, il est présentement décrit que la composition selon l'invention
peut, en particulier,
réduire la concentration de molécules pro-inflammatoires, telle que
l'interleukine 8 (IL-8).
11 est par ailleurs démontré que l'association d'une souche bactérienne de
Christensenella,
en particulier de l'une ou des souche(s) Christensenella timonensis et
Christensenella
minuta, ou de leur surnageant, avec une souche bactérienne de l'espèce
Faecalibacterium
prausnitzii, en particulier la souche de référence A2-165, ou avec son
surnageant, possèdent
des propriétés anti-inflanunatoires supérieures à celles attendues par la
simple addition des
effets de ces souches et/ou surnageant mis en oeuvre séparément.
De nos jours, il est reconnu que la bactérie commensale probiotique
Faecalibacterium
prausnitzii représente environ 5 % du mierobiote fécale chez les adultes sains
(Hold,
Schwiertz et aL, Appl Environ Microbiol. 2003 Jul; 69(7):4320-4). L'importance
de cette
bactérie est reconnue à travers le monde, notamment en tant qu'acteur de la
santé intestinale
chez l'Homme. L'abondance relative de F. prausnitzii peut d'ailleurs servir
comme
indicateur ou biomarqueur de la santé intestinale chez les adultes.
En ce sens, il a été démontré que les niveaux de F. prausnitzii sont moins
importants dans
les fèces des individus souffrant de désordres intestinaux et métaboliques
tels que les
affections intestinales inflammatoires (IBD), le syndrome du côlon irritable
(lBS), le cancer
colorectal (CRC), l'obésité et la maladie coeliaque (Balamurugan, Rajendiran
et aL J
Gastroenterol Hepatol. 2008 Aug;23(8 Pt 1):1298-1303, Sokol, Pigneur et al_
Proc Natl Acad
Sei U S A. 2008 Oct 28;105(43):16731-6; Neish Gastroenterology. 2009 Jan;
136(1):65-80
; De Palma, Nadal et al. BMC Microbiol. 2010 Feb 24; 10:63 ; Furet, Kong et
al. Diabetes.
2010 Dec; 59(12):3049-57; Rajilie-Stojanovie, Biagi et al. Gastroenterology.
2011 Nov;
141(5):1792-801) ainsi que chez les personnes âgées (van Tongeren, Slaets et
al. Appl
Environ Microbiol. 2005 Oct; 71(10):6438-42).
Par ailleurs, il a également été démontré que F. prausnitzii, mis en oeuvre
sous une forme
vivante, présente des effets anti-inflammatoires in vitro et in vivo, ce qui
laisse présager que
cette bactérie pourrait contribuer à l'homéostasie dans un intestin sain
(Sokol, Pigneur et al.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Oct 28; 105(43)116731-6).
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Christensenella est une bactérie anaérobie et sa culture nécessite un
équipement et un savoir-
faire particulier. Bien qu'elle ne soit pas considérée comme un membre
dominant du
microbiote intestinal chez les adultes en bonne santé, elle représente 8,6%
des bactéries
identifiées dans les selles de la mère au moment de la naissance chez l'homme
et représente
20% des bactéries présentes dans des échantillons de méconium du nourrisson
(Koenig JE,
et aL Proc Na!! Acad Sei U S A 2011, 108 Suppl 1:4578-4585). Il a par ailleurs
été observé
que les membres de Christensenellaceae présents dans les échantillons fécaux
de volontaires
sains sont plus nombreux que dans ceux de patients atteints d'une maladie
gastro-intestinale
inflammatoire dans des échantillons pédiatriques et jeunes (Papa E et al. PLoS
One 2012,
7:e39242.). Ces observations ont suggéré l'hypothèse que cette bactérie est
corrélée à un
vieillissement en bonne santé.
H a été décrit dans la demande W02016156527 l'intérêt de rétablir une
population minimale
en Christensenella chez des individus présentant une maladie inflammatoire
intestinale liée
à une déficience en Christensenella dans le microbiote intestinal.
Par ailleurs, les demandes W02018/162738 et W02018/162726 enseignent que
l'utilisation
de bactéries particulières de Christensenella, appartenant à des espèces
définies comme étant
spécifiquement éloignées de celles des genres Christensenella minuta et
Christensenella
timon ensis, permettent de lutter notamment contre le surpoids et l'obésité,
en intervenant par
exemple sur la présence de graisse viscérale et sur la perméabilité
intestinale.
Les inventeurs ont cependant déterminé, de manière surprenante, la capacité de
souches de
Christensenella, et en particulier de leurs surnageant, à. augmenter les
propriétés anti-
inflammatoires d'une souche de Faecalibacterium prausnitzii, et notamment de
son
surnageant. Ainsi, les inventeurs ont mis en évidence l'existence d'un effet
synergique d'une
association d'une souche de Christensenella minuta et/ou de Christensenella
timonensis (ou
d'un surnageant de culture de telles souches) et d'une souche de
Faecalibacterium
prausnitzii (ou d'un surnageant de cette souche) sur la prévention et/ou le
traitement d'une
inflammation gastro-intestinale.
Le terme individu tel qu'utilisé dans le présent texte désigne de
préférence un
mammifère, y compris un mammifère non-humain, et plus particulièrement un être
humain.
Les termes milieu physiologiquement acceptable désignent un milieu qui est
compatible
avec l'organisme de l'individu auquel ladite composition doit être
administrée. Il peut s'agir,
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par exemple, d'un solvant non toxique tel que l'eau. En particulier, ledit
milieu est
compatible avec une administration orale. Une composition selon l'invention
est de
préférence adaptée à une administration par la voie orale.
Par microbiote , on entend l'ensemble des micro-organismes ayant colonisé
un individu
et avec lesquels il cohabite : des bactéries pour l'essentiel, mais également
des virus, des
champignons, des levures et des protozoaires. La composition du microbiote
diffère selon
les surfaces colonisées on distingue ainsi le rnicrobiote cutané, le
microbiote vaginal, le
microbiote urinaire, le microbiote respiratoire, le microbiote ORL
(otorhinolaryngologie) et
le microbiote intestinal, autrefois appelé flore intestinale, de loin le plus
important avec ses
100 000 milliards de germes. Ainsi, on entend par microbiote intestinal
l'ensemble des
micro-organismes, notamment des bactéries, qui peuplent l'intestin d'un
individu donné.
Par Indice de masse corporel (IMC), on désigne, selon une définition
officielle de
l'Organisme Mondiale de la Santé (OMS), l'indicateur des risques pour la santé
associé à un
poids excessif et à un poids insuffisant.
[Table 1]
Classification selon l'OMS
Valeur de 11111C (en kg'in.2)
Insuffisance pondérale
<18.5
Insuffisance pondérale sévère
<16.5
Insuffisance pondérale modérée
16.00 ¨ 16.99
Insuffisance pondérale légère
17.00 ¨ 18.49
Corpulence normale
18.50 ¨ 24.99
Surpoids >
25.00
Pré-obésité
25.00 ¨ 29.99
Obésité >
30.00
Obésité de classe I
30.00 ¨ 34.99
Obésité de classe II
35.00 ¨3 9.99
Obésité de classe III
>40.00
Table 1 : Indicateur des risques pour la santé
L'IMC se calcule en divisant le poids de l'individu (en kilogrammes) par sa
taille au carré
(en mètres).
Composition selon l'invention
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La présente invention concerne une composition pour son utilisation dans le
traitement et/ou
la prévention d'une maladie gastro-intestinale inflammatoire chez un individu,
la
composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable, au moins
:
(I) (a) une première souche bactérienne de l'espèce Faecalibacterium
prausnitzii,
et/ou
(b) un surnageant de culture d'une première souche bactérienne de l'espèce
Faecalibacterium prausnitzii ;
et
(II) (a) une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué de
Christensenella
minuta, Christensenella timonensis et leurs mélanges,
et/ou
(b) un surnageant de culture d'une seconde souche bactérienne choisie dans le
groupe
constitué de Christensenella minuta, Christensenella timonensis et leurs
mélanges.
En particulier, l'individu défini selon l'invention n'est pas en surpoids,
i.e. possède un indice
de masse corporel (IMC) inférieur à 25.
Par /MC inférieur à 25 , on désigne un IMC strictement inférieur à 25, plus
particulièrement un IMC inférieur ou égale à 24,99.
Selon l'un quelconque de ces modes de réalisation, ledit individu peut
posséder un IMC
inférieur à 25 et supérieur ou égal à 18,5.
Selon un mode de réalisation particulier, la composition est utilisée chez un
individu non
déficient en Christensenella dans le microbiote intestinal.
Par non-déficient en Christensenella dans le microbiote intestinal, au sens
de la présente
invention, on entend désigner un individu dont les bactéries du genre
Christensenella dans
son microbiote intestinal représente au moins 0.01% en nombre du total des
genres
bactériens décelés dans son microbiote intestinal, en particulier au moins
0,1% en nombre,
et notamment au moins 0,5% en nombre du total des genres bactériens décelés
dans son
microbiote intestinal. Recueilli dans les selles, l'abondance en
Christensenella peut par
exemple être mesurée par un test de séquençage Fish, ou de qPCR ou de méta
analyse, bien
connus de l'homme du métier.
Selon la présente invention, la première souche bactérienne de l'espèce
Faecalibacterium
prausnitzti et/ou la seconde souche bactérienne telle que définie selon
l'invention peuvent
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être indépendanunent mises en oeuvre sous une forme vivante, semi-active,
inactivée ou
morte.
Au sens de l'invention, une souche bactérienne sous une forme semi-active est
un
microorganisme dont la capacité à proliférer est réduite, temporairement ou
définitivement.
Le terme "senti-active" désigne ainsi une bactérie à faible activité
physiologique. Cette
activité peut être mesurée par une phase de croissance exponentielle ou un
temps de
génération plus long, un métabolisme ralenti ou une réponse physiologique
incomplète aux
modifications de l'environnement, par exemple. Dans certains cas extrêmes, le
nombre de
bactéries peut être réduit puisqu'elles ne peuvent plus résister aux
changements de
l'environnement.
Ainsi, au sens de l'invention, une souche bactérienne inactivée est une
souche bactérienne
qui n'est plus capable, temporairement ou définitivement, de proliférer.
Au sens de l'invention, une souche bactérienne morte est une souche
bactérienne qui n'est
plus capable, définitivement, de proliférer.
Les souches bactériennes mortes ou inactivées peuvent avoir les membranes
cellulaires
intactes ou rompues. Ainsi le terme inactivé désigne également les
extraits et lysats de
souches bactériennes obtenus comme détaillés ci-avant. L'obtention de souches
bactériennes
mortes ou inactivées peut être effectuée par toute méthode connue de l'homme
du métier.
Une souche bactérienne inactivée convenant à l'invention peut être préparée
par irradiation,
inactivation thermique ou lyophilisation d'une préparation de souche
bactérienne. Ces
méthodes sont connues de l'homme du métier.
Plus particulièrement, l'inactivation de souches bactériennes par irradiation
peut comprendre
la mise en oeuvre de rayons gamma, de rayons X ou une exposition aux UV. Le
type de
rayonnement, l'intensité, la dose et le temps d'exposition sont ajustés par
l'homme du métier
selon la quantité et la nature des souches bactériennes à inactiver.
L'inactivation par lyophilisation peut être effectuée par toute méthode connue
dans le
domaine. Avantageusement, des souches bactériennes inactivées par
lyophilisation peuvent
être remises en culture.
Une souche bactérienne selon l'invention peut être mise en oeuvre sous forme
entière, c'est-
à-dire pour l'essentiel dans sa forme native, ou sous forme d'extraits ou de
lysats comprenant
des fractions et/ou des métabolites de ce microorganisme. Un tel lysat peut
notamment être
préparé comme indiqué ci-après.
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Un lysat conforme à l'invention peut comprendre tout ou partie des éléments
fractionnés
et/ou des métabolites résultant de la lyse de la souche bactérienne.
Un lysat au sens de l'invention désigne le produit obtenu à l'issue de la
destruction ou
dissolution de cellules biologiques par un phénomène de lyse cellulaire
provoquant la
libération des constituants biologiques intracellulaires naturellement
contenus dans les
cellules de la souche bactérienne considérée.
Au sens de la présente invention, le terme lysat est utilisé
indifféremment pour désigner
l'intégralité du lysat obtenu par lyse de la souche bactérienne concernée ou
seulement une
fraction de celle-ci.
Au sens de la présente invention, les terrnes lysat entier sont utilisés
pour désigner plus
précisément l'intégralité du lysat obtenu par lyse de la souche bactérienne
concernée.
Le lysat mis en oeuvre est donc formé en tout ou partie des constituants
biologiques
intracellulaires et des constituants des parois et membranes cellulaires.
Selon un mode de réalisation, un lysat utilisé pour l'invention est
l'intégralité du lysat obtenu
par lyse de la souche bactérienne concernée.
Cette lyse cellulaire peut être réalisée à l'aide de différentes technologies,
telles que par
exemple un choc thermique, par ultrasons, un choc osmotique, ou sous
contrainte
mécanique, telle que par centrifugation.
Selon un mode de réalisation, un surnageant de culture de la première souche
bactérienne
telle que définie ci-dessus et/ou un surnageant de culture de la seconde
souche bactérienne
telle que définie ci-dessus peut être mis en uvre dans une composition selon
l'invention.
Par surnageant de culture on désigne au sens de la présente invention le
milieu de culture
dans lequel les souches bactériennes ont séjourné lors de leur culture, ou
milieu
extracellulaire.
Selon un mode de réalisation, la composition selon l'invention comprend au
moins un
surnageant de culture d'une souche bactérienne de l'espèce Faecalibacterium
prausnitzii.
Selon un mode de réalisation, la composition selon l'invention comprend au
moins une
souche bactérienne de l'espèce Faecalibacterium prausnitzii.
Selon un mode de réalisation, la composition selon l'invention comprend au
moins une
souche bactérienne de l'espèce Faecalibacterium prausnitzii et au moins un
surnageant de
culture d'une souche bactérienne de l'espèce Faecalibacterium prausnitzii.
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Selon l'un quelconque de ces modes de réalisation, la souche bactérienne de
l'espèce
Faecalibacterium prausnitzii est une souche de l'espèce F. prausnitzii ayant
des propriétés
anti-inflammatoires.
Selon l'un quelconque de ces modes de réalisation, la souche bactérienne de
l'espèce
Faecalibacterium prausnitzii est la souche de référence A2-165.
Selon un mode de réalisation, la composition selon l'invention comprend un
surnageant de
culture d'au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué de
Christensenella timonensis, Christensenella minuta et/ou leurs mélanges.
Selon un mode de réalisation, la composition selon l'invention comprend au
moins une
souche bactérienne choisie dans le groupe constitué de Christensenella
timonensis,
Christensenella minuta et/ou leurs mélanges et un surnageant de culture d'au
moins une
souche bactérienne choisie dans le groupe constitué de Christensenella
timonensis,
Christensenella minuta et/ou leurs mélanges.
Selon un mode de réalisation particulier de l'invention, la composition
comprend au moins :
(a) un surnageant de culture d'une première souche bactérienne de l'espèce
Faecalibacterium prausnitzii ; et
(b) un surnageant de culture d'une seconde souche bactérienne choisie dans le
groupe
constitué de Christensenella minuta, Christensenella timonensis et leurs
mélanges.
Selon un mode de réalisation particulier de l'invention, une composition de
l'invention est
adaptée pour l'administration d'une dose journalière représentant de 107 à
1011 unités
formant des colonies (ufc) d'au moins une souche bactérienne de l'espèce
Faecalibacteriutn
prausnitzii, de préférence une dose journalière équivalente à 109 ufc.
En particulier, une composition de l'invention est adaptée pour
l'administration d'une dose
journalière représentant de 107 à 1011 unités formant des colonies (ufc) d'au
moins une
souche bactérienne choisie dans le groupe constitué de Christensenella
timonensis,
Christensenella minuta et/ou leurs mélanges, de préférence une dose
journalière équivalente
à 109 ufc.
Dans le cas de la mise en oeuvre d'un surnageant de culture de l'une
quelconque des souches
bactériennes susmentionnées, une composition selon l'invention peut notamment
en
comprendre, indépendamment, une teneur comprise entre 0,1 % et 99,0 % en
poids,
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notamment entre 5,0 % et 90,0 % en poids, en particulier de 25 à 70 % en poids
et plus
particulièrement de 30 à 50 % en poids, par rapport au poids total de la
composition.
Ainsi, une composition selon l'un quelconque des modes de réalisation
susmentionnés peut
indépendamment comprendre une teneur comprise entre 0,1 % et 99,0 % en poids,
notamment entre 5,0 % et 90,0 % en poids, par exemple entre 10,0 % et 90,0 %
en poids ;
en particulier de 25 à 70 % en poids et plus particulièrement de 30 à 50 % en
poids, de
surnageant d'une première souche bactérienne ou d'une seconde souche
bactérienne telles
que définies précédemment, par rapport au poids total de la composition.
En particulier, une composition selon l'invention est une composition
pharmaceutique.
Maladies gastro-intestinales inflammatoires
Comme indiqué précédemment, une composition selon l'invention, telle que
décrite ci-
dessus, est mise en oeuvre dans le traitement et/ou la prévention d'une
maladie gastro-
intestinale inflammatoire chez un individu, plus particulièrement un être
humain.
Au sens de la présente invention, une maladie gastro-intestinale inflammatoire
est, en
particulier, une affection intestinale inflammatoire, plus particulièrement
une affection
intestinale inflammatoire colique.
Ladite affection intestinale inflammatoire colique peut, en particulier, être
choisie dans le
groupe constitué de la maladie de Crohn (MC), la recto-colite hémorragique
(RCH) et la
pochite, en particulier la maladie de Crohn et la recto-colite hémorragique.
La maladie de Crohn et la recto-colite hémorragique sont deux maladies qui se
caractérisent
par l'inflammation de la paroi d'une partie du tube digestif, liée à une
hyperactivité du
système immunitaire digestif.
En particulier, les affections intestinales inflammatoires notamment coliques,
plus
particulièrement la maladie de Crohn (MC), la recto-colite hémorragique (RCH)
et la
pochite, sont des maladies frappant avec prédilection l'adulte jeune, i.e.
entre 20 et 30 ans,
et qui évoluent par poussées entrecoupées de périodes de rémission. Ces
maladies peuvent
toucher tout le tube digestif, de la bouche à l'anus.
Par maladie de Crohn on désigne une maladie gastro-intestinale
inflammatoire qui peut
atteindre tout le tube digestif. La maladie de Crohn, de cause inconnue, est
caractérisée par
une inflammation le plus souvent retrouvée au niveau de l'iléon, du côlon et
de l'anus, qui
est d'origine multifactorielle, faisant intervenir entre autres une composante
génétique et le
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microbiome. La maladie de Crohn évolue typiquement par poussées espacées par
des phases
dites de rémission, asymptomatiques. Les signes digestifs sont le plus souvent
à type de
diarrhée, de douleur abdominale ou de lésion proctologique. Le diagnostic de
la maladie de
Crohn nécessite une fibroscopie cesogastrique et une coloscopie avec
réalisation de biopsies.
La maladie de Crohn peut aussi être détectée grâce à une vidéo-capsule, celle-
ci permettant
de visualiser les intestins et plus particulièrement le grêle.
Par recto-colite hémorragique on désigne une maladie inflammatoire
chronique de
l'intestin qui affecte l'extrémité distale du tube digestif, i.e. le côlon et
le rectum. Elle se
caractérise par des lésions continues le plus souvent superficielles qui
débutent dans le
rectum et peuvent s'étendre sur l'ensemble du colon sans jamais atteindre
d'autres segments
du tube digestif. Elle évolue par poussées entrecoupées de périodes de
rémissions (périodes
calmes sans symptômes).
Par pochite on désigne l'inflammation du réservoir iléal obtenu après
qu'un chirurgien
ait effectué une anastomose entre deux parties des intestins, i.e. riléon et
l'anus. Elle
concerne avant tout les patients souffrant de recto-colite hémorragique, et
ayant subi une
coloprotectomie totale.
Une composition selon la présente invention est notamment prévue pour le tube
digestif, en
particulier l'intestin.
Par conséquent, une composition selon l'invention peut être adaptée à une
administration
par la voie orale ou rectale.
Selon un mode de réalisation, une composition de l'invention est une
composition orale,
c'est-à-dire qu'elle est adaptée à une administration par la voie orale à un
individu.
Une telle composition peut être sous la forme d'une suspension, un comprimé,
une pilule,
une capsule, un granulé ou une poudre.
La composition selon l'invention pour la voie orale peut être choisie dans le
groupe constitué
d'un produit alimentaire, une boisson, un produit pharmaceutique, un
nutraceutique, un
additif alimentaire, un supplément alimentaire ou un produit laitier, et est,
en particulier, un
complément alimentaire.
Selon un mode de réalisation particulier, une composition selon la présente
invention est un
complément alimentaire.
Un complément alimentaire pour une administration orale peut être présent dans
des
capsules, des gélules, des capsules molles, des comprimés, des comprimés
dragéifiés, des
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pilules, des pâtes, des pastilles, des gommes, des solutions ou émulsions
buvables, un sirop
ou un gel.
Avantageusement, une composition selon la présente invention, prévue pour une
administration orale, peut être pourvu d'un enrobage résistant au suc
gastrique, afin d'assurer
que la souche bactérienne de la présente invention comprise dans ladite
composition puisse
traverser l'estomac endommagé. La libération de la souche bactérienne peut
ainsi se produire
pour la première fois dans le tractus intestinal supérieur
Un complément alimentaire selon la présente invention peut comprendre en outre
un
édulcorant, un stabilisant, un antioxydant, un additif, un agent aromatisant
et/ou un colorant.
La formulation de celui-ci est effectuée au moyen des procédés usuels pour
produire des
comprimés dragéifiés, des gélules, des gels, des hydrogels pour libération
contrôlée, des
émulsions, des comprimés ou des capsules.
Une composition selon la présente invention peut également être sous la forme
d'une
composition nutritionnelle.
Une composition nutritionnelle selon la présente invention est sous la forme
d'un yogourt,
une barre de céréale, des céréales pour le petit-déjeuner, un dessert, un
aliment congelé, une
soupe, un aliment pour animaux de compagnie, une suspension liquide, une
poudre, un
comprimé, une gomme ou un bonbon.
Dans un autre mode de réalisation de la présente invention, une composition
contenant la
souche bactérienne de l'invention est administrée par voie intrarectale.
En particulier, une composition selon l'invention administrée par la voie
rectale peut se
présenter sous la forme d'un suppositoire, d'un lavement ou d'une mousse.
Une composition selon l'invention peut comprendre en outre au moins un
ingrédient choisi
parmi : des antioxydants, des huiles de poisson, DHA, EPA, des vitamines, des
minéraux,
des phytonutriments, une protéine, un lipide, des probiotiques et des
combinaisons de ceux-
ci.
L'invention est décrite ci-dessous de façon plus détaillée au moyen des
exemples suivants
qui sont présentés à titre d'illustration uniquement.
Exemple
Souches bactériennes, culture cellulaire et conditions de croissance
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Toutes les souches décrites ci-après sont issues de la collection allemande
DSMZ (Institut
Leibnitz DSMZ). Les souches Christensenella minuta DSMZ 22607, Christensenella
titnonensis DSMZ 102800 et Faecalibaeterium prausnitzii A2-165 (déposée à la
German
Collection of Microorganisms and Cell Cultures under number DSM-17677 en 1996)
sont
cultivées à 37 C dans un milieu YBHI [milieu de perfusion cerveau-coeur
complété avec
0.5 % d'extrait de levure (Difco)] additionné de cellobiose (1 mg/m1 ; Sigma),
de maltose (1
mg/mi ; Sigma), de cystéine (0,5 mg/mi ; Sigma) et de mucine (1 mg/m1 ; Sigma)
dans une
chambre anaérobie remplie avec N2 =85 %, CO2 = 10 % et H2 =5 %.
La lignée cellulaire HT-29 (ATCC HTB-38) (LGC-Standars) est cultivée dans le
milieu
minimal essentiel de l'aigle modifié de Dulbecco (DMEM) (Sigma-Aldrich)
complété avec
10% (p/v) de sérum foetal bovin (FBS) thermo-inactivé (GibcoBRL, Eragny,
France) et de
pénicillin G/ streptomycine (5000 IU/mL, 5000 p.g/m1) (Sigma-Aldrich). Les
cultures sont
incubées dans des flacons de culture tissulaire de 25 cm2 (Nunc, Roskilde,
Danemark) à 37
"C dans une atmosphère de CO2 à 5% (v/v) jusqu'à confluence.
Expériences d'alimentation croisée
Les cultures simples et les co-cultures composées des combinaisons entre les
souches
énumérées sont préparées au temps 0. A 24h, les échantillons bactériens sont
centrifugés
pendant 10 minutes à 6000 rpm. Les surnageants ainsi obtenus sont conservés à -
80 C afin
de poursuivre l'analyse de leurs propriétés inununomodulatrices in vitro.
Propriétés immunomodulatrices utilisant des cellules HT-29
Des tests anti-inflammatoires sont effectués selon la procédure décrite par
Kechaou et ai.,
2012 (Kechaou N et al. :Appl Environ Microbiol 2012, 79:1491-1499).
Spécifiquement,
50000 cellules HeLa ou HT-29 par puits sont semées dans des plaques de culture
de 24 puits
(Nunc). Vingt-quatre heures avant la mise en contact bactérienne, le milieu de
culture est
remplacé par un milieu contenant 5 % de FBS. Les expériences sont entreprises
le 7e jour
après l'ensemencement, alors que les cellules sont à confluence (1,83x106
cellules/puits).
Vingt-quatre heures avant la co-culture bactérienne (jour 6), le milieu de
culture est remplacé
par un milieu contenant 5% de FBS inactivé à la chaleur et 1% de glutamine. Le
jour de la
co-culture, 10 % de surnageant bactérien sont ajoutés au DMEM dans un volume
total de
500 L. Les cellules sont stimulées simultanément avec du TNF-ct humain (5
ng/mL ;
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Peprotech, NJ) pendant 6 h à 37 C dans 10% de CO2. Après la co-incubation, les
surnageants
cellulaires sont prélevés et stockés à -80 oc jusqu'à ce qu'une mesure plus
poussée des
concentrations d'interleukine-8 (IL-8) par ELISA (Biolegend, San Diego, CA)
soit effectuée.
Ces expériences ont été réalisées au moins en trois exemplaires.
Les résultats obtenus sont représentés en Figure 1.
Ces résultats sont exprimés en IL-8 (pg/rnL) et sont normalisés en utilisant
comme valeur de
référence nt-8 produit après la co-incubation avec le PBS comme témoin
négatif.
Analyse statistique
Le logiciel GraphPad (GraphPad Sofware, La Jolla, CA, USA) a été utilisé pour
l'analyse
statistique. Des comparaisons sont réalisées avec le test non paramétrique de
Kruskal-Wallis
suivi d'une comparaison multiple de Dunn. Une valeur p inférieure à 0,05 a été
jugée
significative (*p< 0,05 ; **p<0,01).
Résultats
Christensenella minuta DSMZ 22607 et Christensenella timonensis DSMZ 102800
présentent des propriétés anti-inflammatoires in vitro.
La souche de référence F. prausnitzii A2-165 est bien connue pour ses
propriétés
immunomodulatrices et plus particulièrement pour ses effets anti-
inflammatoires. Pour
déterminer si les souches de C. minuta DSMZ 22607 et C. titnonensis DSMZ
102800 sont
capables de moduler la réponse immunitaire, les inventeurs ont testé in vitro
les propriétés
inrimunomodulatrices des surnageants de ces souches dans un modèle basé sur la
capacité à
bloquer la production de IL-8 (une cytokine pro-inflammatoire) induite par
stimulation TNF-
a dans des cellules épithéliales HT-29.
Ainsi, les inventeurs ont observé que les deux souches sont capables de
bloquer la production
d'1L-8 de la même manière que le témoin positif (F. prausnitzii A2-165)
(Figure 1).
C. minuta DSMZ 22607 et C. titnonensis DSMZ 102800 augmentent les propriétés
anti-
inflammatoires de la souche F. prausnitzii A2-165 in vitro.
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Afin de tester si les membres de Christensenella étaient capables d'augmenter
les propriétés
anti-inflammatoires d'autres membres du microbiote intestinale, des co-
cultures avec F.
prausnitzii A2-165 ont été réalisées.
Comme le montre également la Figure 1, C. minuta DSMZ 22607 et C. timonensis
DSMZ
102800 permettent avantageusement, et de manière tout à fait inattendue,
d'augmenter
synergiquement les propriétés anti-inflammatoires de la souche F. prausnitzii
A2-165 de
manière statistiquement significative.
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